基于對被觀察物的不同性質，我們在選擇顯微鏡的時候也是有很大區別，不是一層不變的。對于生物的研究，我們用得多的就是普通的正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡，那么他們之間的區別到底在哪里呢。
正置生物顯微鏡是我們在實驗室和教室中常見的生物顯微鏡，它的物鏡轉換盤朝向是向下的，載物臺在物鏡下方。當觀察物體時，把被觀察物放于載物臺，物鏡從上方靠近載玻片進行觀察，工作距離比較短，觀察切片等適合用正置生物顯微鏡。
倒置顯微鏡的物鏡是向上的，載物臺在物鏡上方。當觀察活體細胞時適合用這種顯微鏡，因為正置生物顯微鏡的工作距離很短，觀察培養皿里面的活體細胞根本沒辦法觀察。用倒置顯微鏡就不一樣了，我們只需把培養皿放于載物臺上就能進行觀察，因為倒置顯微鏡的光路是飯的，聚光鏡在上面，其工作距離長，可以輕松觀察到培養皿里面的活體細胞。
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