大部分顯微鏡使用一段時間后都會產生鏡片的外面被沾污或發生霉變。尤其是40X高倍物鏡，在做“觀察植物細胞的質壁分離與復原”實驗時，極容易被糖液污染。如鏡頭被污染不及時清洗干凈就會發生霉變。處理的辦法是先用干凈柔軟的綢布蘸溫水清洗掉糖液等污染物，后用干綢布擦干，再用長纖維脫脂棉蘸些鏡頭清洗液清洗，后用吹風球吹干。要注意的是清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部。因為為了達到所需要的放大倍數，高倍物鏡的鏡片需要緊緊地膠接在一起。膠是透明的，一旦這層膠被酒精、溶劑溶解后，光線通過這兩片鏡片時，光路就會發生變化，觀察效果會受到很大影響。所以在清洗時不要讓酒精等溶劑滲入到物鏡鏡片的內部。
鏡筒的自行下滑是生物顯微鏡經常發生的故障之一。對于軸套式結構的顯微鏡解決的辦法可分兩步進行。
首先：用雙手分別握住兩個粗調手輪，相對用力旋緊，看能否解決問題。若還不能解決問題，則要用的雙柱板手把一個粗調手輪旋下，加一片摩擦片，手輪擰緊后，如果轉動很費勁，則加的摩擦片太厚了，可調換一片薄的。以手輪轉動不費力，鏡筒上下移動輕松，而又不自行下滑為準。摩擦片可用廢照相底片和小于1毫米厚的軟塑料片用打孔器沖制。
第二步：檢查粗調手輪軸上的齒輪與鏡筒身上的齒條嚙合狀態。鏡筒的上下移動是由齒輪帶動齒條來完成的。齒輪與齒條的嚙合狀態在理論上講是齒條的分度線與齒輪的分度圓相切。在這種狀態下，齒輪轉動輕松，并且對齒條的磨損小。現在有一種錯誤的做法，就是在齒條后加墊片，使齒條緊緊地壓住齒輪來阻止鏡筒的下滑。這時齒條的分度線與齒輪的分度圓相交，齒輪和齒條的齒尖都緊緊地頂住對方的齒根。當齒輪轉動時，相互間會產生嚴重的磨削。由于齒條是銅質材料的，齒輪是鋼質材料的，所以相互間的磨削，會把齒條上的牙齒磨損壞，齒輪和齒條上會產生許多銅屑，后齒條會嚴重磨損而無法使用。因此千萬不能用墊高齒條來阻止鏡筒下滑。解決鏡筒自行下滑的問題,只能用加大粗調手輪和偏心軸套間的摩擦力來實現。但有一種情況例外,那就是齒條的分度線與齒輪的分度圓相離。這時轉動粗調手輪時,同樣會產生空轉打滑的現象，影響鏡筒的上下移動。如果這通過調整粗調手輪的偏心軸套，無法調整齒輪與齒條的嚙合距離。則只能在齒條后加墊適當的薄片來解決。加墊片調整好齒輪與齒條嚙合距離的標準是：轉動粗調手輪不費勁,但也不空轉。
調整好距離后，在齒輪與齒條間加一些中性潤滑脂，讓鏡筒上下移動幾下即可以了。后還須把偏心軸套上的兩只壓緊螺絲旋緊。不然的話，轉動粗調手輪時，偏心軸套可能會跟著轉動，而把齒條卡死，使鏡簡無法上下移動。這時如果轉動粗調手輪力量過大的話，可能會損壞齒條和偏心軸套。在旋緊壓緊螺絲后，如果發現偏心軸套還是跟著轉的話，這是由于壓緊螺絲的螺絲孔螺紋沒有改好所造成的。因為廠家改螺紋是用機器改絲的，往往會有一到二牙螺紋沒改到位。這時即使壓緊螺絲也旋不到位，偏心軸套也就壓不緊了。發現這種故障,只要用Ｍ３的絲攻把螺絲孔的螺紋攻穿就能解決問題。把以上這些步驟都一一做好后,鏡筒自行下滑問題基本上是*解決了。
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